Inspektorat

1. Inspektorat

Sekretariat

2. Sekretariat Daerah
3. Sekretariat DPRD

Dinas

4. Dinas Komunikasi Dan Informatika
5. Dinas Perikanan
6. Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan
7. Dinas Pemberdayaan Masyarakat Dan Desa
8. Dinas Penanaman Modal Dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
9. Dinas Perpustakaan Dan Kearsipan
10. Dinas Tenaga Kerja Dan Transmigrasi
11. Dinas Pariwisata
12. Dinas Kesehatan
13. Dinas Kependudukan Dan Pencatatan Sipil
14. Dinas Perhubungan
15. Dinas Lingkungan Hidup
16. Dinas Pemadam Kebakaran
17. Dinas Pekerjaan Umum Dan Penataan Ruang
18. Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi Dan Usaha Mikro
19. Dinas Perumahan Rakyat, Kawasan Pemukiman Dan Pertanahan
20. Dinas Sosial
21. Dinas Pemberdayaan Perempuan Dan Perlindungan Anak
22. Dinas Pemuda Dan Olahraga
23. Dinas Ketahanan Pangan Dan Pertanian
24. Dinas Ketahanan Pangan
25. Dinas Pertanian
26. Satuan Polisi Pamong Praja

Badan

27. Badan Kepegawaian Dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
28. Badan Pengelola Keuangan, Pendapatan Dan Aset Daerah
29. Badan Perencanaan, Penelitian Dan Pengembangan Daerah
30. Badan Kesatuan Bangsa Dan Politik
31. Badan Pengelola Perbatasan
32. Badan Pengelolaan Pajak Dan Retribusi Daerah
33. Badan Penanggulangan Bencana Daerah

Instansi Lainnya

34. Unit Layanan Pengadaan
35. UPTD Rumah Sakit Umum Daerah Natuna

Instansi Vertikal

36. Badan Pengawas Pemilihan Umum
37. Badan Pusat Statistik

Instansi Non Pemda

38. Layanan Pengadaan Secara Elektronik
39. Badan Amil Zakat Nasional
40. KPU Natuna

Kecamatan

41. Kecamatan Bunguran Timur
42. Kecamatan Bunguran Barat
43. Kecamatan Bunguran Utara
44. Kecamatan Bunguran Tengah
45. Kecamatan Bunguran Timur Laut
46. Kecamatan Bunguran Batubi
47. Kecamatan Bunguran Selatan
48. Kecamatan Pulau Laut
49. Kecamatan Subi
50. Kecamatan Pulau Tiga
51. Kecamatan Pulau Tiga Barat
52. Kecamatan Serasan
53. Kecamatan Serasan Timur
54. Kecamatan Suak Midai
55. Kecamatan Midai
56. Kecamatan Seluan
57. Kecamatan Pulau Panjang